Aprovechar lo ya existente

Primero: Ya que se ha construido la plataforma entre Castejón y Villafranca, construir el tramo O, el Puente sobre el Ebro, para unirse al tramo ya existente de doble vía de Zaragoza donde los trenes de pasajeros ya pueden alcanzar los 160 km/h.
Segundo: En esta nuevo tramo instalar ya una vía reservando el espacio para la segunda. Esta se haría con traviesa polivalente y en un primer momento se instalaría ancho ibérico pudiendo cambiarlo al ancho estándar "UIC" posteriormente.
Tercero: Hacer parte del siguiente subtramo hacia Pamplona, en concreto la correspondiente a la del puente sobre el río Aragón y hacer una conexión provisional en torno a la estación de Marcilla. Tras electrificar y señalizar, los actuales Alvia usarían esa nueva vía evitando la parada y el paso en Castejón y el paso por Villafranca y puede que por Marcilla. El mejor trazado, más rectilíneo y corto y que los propios Alvia/Intercity-MD pueden ir hasta los 220 km/h en ancho ibérico ya produciría una reducción en tiempos de viaje entre Tudela y Tafalla y Pamplona.
Cuarto: Adaptar la actual vía entre Zaragoza y Castejón a velocidades de más de 200 km/h con la posibilidad también de incluir el tercer carril con lo cual se reducirían nuevamente los tiempos de viaje, además de beneficiar también a La Rioja. Hacer frente común junto con la comunidad autónoma vecina para conseguir este tramo común. Los trenes de Larga Distancia hacia Logroño, Miranda de Ebro pararían en Castejón, dando servicio a los vecinos de esta población que se quedaran sin parada debido al nuevo puente sobre el Ebro. También esta parada da servicio a los vecinos de Corella, Cintruénigo, Fitero...
Con el tercer carril en este tramo de la Ribera el AVE podría llegar hasta Tudela y Castejón provisionalmente para llegar más tarde a Pamplona y Logroño si se acaba poniendo una vía de ancho estándar "UIC" hasta Pamplona y Logroño sea como sea el trazado finalmente.
Quinto: Mientras tanto se discute que se hace entre Villafranca-Marcilla y Pamplona.
Sexto: Se comienza a hacer la eliminación del bucle ferroviario y nueva estación en Pamplona/Iruña. Primero con ancho ibérico y luego se puede cambiar al estándar "UIC". Se reducirían los tiempos un poquito más además de tener una estación nueva adaptada a los tiempos que corren y a los que vengan.
Séptimo: Mientras tanto los trenes de larga distancia seguirán parando en Tafalla, que si hubiera buen servicio de autobús daría mejor servicio tanto a Estella-Lizarra como Sangüesa/Zangoza y otras poblaciones de la Navarra Media. Y los servicios regionales seguirían yendo por la vía actual dando servicio a Castejón, Villafranca, Marcilla, Olite-Erriberri incluso alguna más coordinándose si fuera necesario con taxis/microbuses en paradas ya desaparecidas (Caparroso, Pitillas...) y las actuales para dar un verdadero servicio público.
Octavo: Si se hace un nuevo trazado entre Villafranca-Marcilla y Pamplona/Iruña, incluir una nueva parada entre Olite y Tafalla que de servicio a toda la Zona Media (incluyendo también Tierra-Estella, la Navarra Media Oriental) haciendo en este sentido las funciones de la parada actual del Alvia en la Ciudad del Zidacos. Todo ello con el máximo respeto a la legislación ambiental. La vía actual de ancho ibérico entre Castejón y Pamplona podría ser transferida al Gobierno de Navarra (o sólo los trenes) para dar un verdadero servicio de Regionales/Cercanías recuperando incluso antiguas estaciones/apeaderos.

Todo lo que he dicho creo que es lo más racional que se puede hacer con lo que hay y se usa y con lo hecho y está muerto del asco.
Hay ejemplos perfectamente válidos de casos similares: Variante de Alpera (Albacete) utilizada por todos los trenes en un primer momento y ahora los utilizan los AVE a Alicante, tramo entre Xátiva y Valencia con el mismo propósito, en Teruel hay tramos donde ahora corren los trenes a 160 pero que en el futuro se pueden utilizar para Alvias/AVE, estaciones como la de Burgos-Rosa de Lima podría servir de ejemplo para la nueva de Zizur, eso sí,con un bus exprés o tranvía que la uniera con el centro de la vieja Iruña...
Sobre estas cosas les recomiendo que se lean los documentos internos de ADIF, son muy interesantes, y no sólo en los referidos a Navarra, es bueno ver otros casos...www.adif.es